A equipe liderada por David Rossell e Patrick Aloy do Instituto de Recerca Biomédica de Barcelona (IRB Barcelona) e a empresa Anaxomics Biotech conseguiu a quarta posição mundial em uma competição na qual participaram 54 equipes procedentes principalmente da Europa e dos Estados Unidos. O desafio do Improver consistia em avaliar e verificar com aproximações computacionais amostras de pacientes de psoríase, esclerose múltipla, obstrução pulmonar crônica e câncer de pulmão.
Respaldados pela comunidade científica, IBM Research e Philip Morris International (PMI) R&D lançaram em maio o projeto Improver (Industrial Methodology for Process Verification in Research) com o objetivo de desafiar aos melhores investigadores biocomputacionais do mundo a demonstrar a funcionalidade de seus métodos para explorar a informação genômica com finalidades preditivas e clínicas, e cujos resultados foram fiáveis e verificáveis.
O primeiro desafio dado pelo Improver, denominado Diagnosis Signature, consistiu em separar e classificar a grupos de pacientes para quatro enfermidades explorando dados genômicos de amostras clínicas, o qual se denomina um teste às escuras. A equipe liderada pela IRB Barcelona e Anaxomics Biotech conseguiu a quarta posição mundial, em uma competição da qual participaram 54 equipes, procedentes principalmente da Europa e dos Estados Unidos. A apresentação do projeto foi publicada na Nature Biotechnology e os resultados da competição serão também apresentados proximamente em revistas científicas de alto impacto.
Segundo David Rossell, responsável pela Plataforma de Bioestadística e Bioinformática do IRB Barcelona e design dos algoritmos probabilísticos de predição, “esses desafios internacionais são muito eficazes como teste de conceito, para demonstrar que é possível predizer e que pode se fazer bem, toda vez que são expostas ao mundo as técnicas mais avançadas e eficazes para consegui-lo»».
Patrick Aloy, responsável pelo grupo no programa conjunto IRB Barcelona-BSC de biologia computacional, especializado em caracterizar redes moleculares para diferentes patologias, destaca que “além disso, esta competição favorece a criação de um corpo de evidência científica forte perante a comunidade biomédica, tanto de investigadores como de médicos, o que dá valor e confiança às técnicas biocomputacionais e suas possíveis aplicações industriais”.
Incorporar informação biológica em algoritmos estadísticos
O desafio consistia em avaliar e verificar com aproximações computacionais amostras de pacientes de psoríase, esclerose múltipla, obstrução pulmonar crônica e câncer de pulmão. A aproximação da equipe liderada pelo IRB Barcelona foi dupla: em primeiro lugar, Anaxomics Biotech contribuiu com informação publicada sobre proteínas envolvidas em cada uma das patologias. O doutor Aloy ampliou esta documentação biológica com dados não publicados de outras moléculas claramente implicadas. E finalmente, o doutor Rossell integrou a informação biológica aos seus métodos probabilísticos de predição. “Trata-se de separar o joio do trigo: identificar que subgrupo de genes dos milhares que manejamos é relevante para incorporá-lo à análise. É uma combinação de conhecimento prévio baseado em redes e dados experimentais para obter melhores predições”, explica Rossell.
O primeiro desafio do Improver destacou a capacidade preditiva da biocomputação dado que a grande maioria de participantes pôde diagnosticar os pacientes com uma precisão próxima a 90%, e em alguns casos a 100%.
Os organizadores propõem dar uma continuidade de quatro anos ao projeto Improver. Até o momento, já anunciaram que o segundo desafio será lançado durante este ano.
Fonte: Improver
